粘液腺囊肿主要通过手术治疗，一般门诊小手术即可解决，通常1周左右能恢复。
手术治疗方式
激光手术：利用激光的热能破坏囊肿组织，具有出血少、创口小的特点。手术过程相对快捷，术后恢复也较快。传统手术切除：直接切开囊肿部位，完整切除囊肿及周围部分腺体组织，能彻底去除病灶，但创口相对激光手术稍大一些。
非手术的保守治疗
观察等待：对于较小的、无症状的粘液腺囊肿，有时可以先观察。但要注意观察囊肿是否有变化，如增大、感染等情况。不过这种方法有一定风险，因为囊肿可能会反复感染或持续增大。穿刺抽液：用注射器抽取囊肿内的液体，暂时缓解囊肿肿胀。但这种方法容易复发，因为囊壁没有被去除，很快又会分泌液体形成囊肿。
术后注意事项
伤口护理：术后要保持口腔卫生，饭后用清水或漱口水漱口，防止伤口感染。一般术后1周左右伤口基本愈合。饮食注意：术后短期内避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，以免刺激伤口，影响恢复。可以多吃一些清淡、易咀嚼的食物，如粥、面条等。避免刺激：不要用舌头舔舐手术部位，也不要频繁用手触摸，防止外力刺激导致伤口愈合不良或囊肿复发。