孕早期出现先兆流产的原因较多，其中胚胎因素是常见原因之一，约占50%~60%，比如胚胎染色体异常，无论是数目异常还是结构异常，都可能导致先兆流产。
母体因素影响
内分泌异常： 孕妇体内的黄体功能不全是比较常见的情况，约占30%。黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要，若黄体功能不足，孕酮分泌量减少，就难以很好地支持胚胎发育，从而增加先兆流产风险。另外，甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳等内分泌问题，也会影响妊娠的稳定性，增加先兆流产发生几率。全身性疾病： 孕妇患有严重的感染性疾病，像高热可使子宫收缩，引发先兆流产；患有心脏病导致心功能不全，会使胎盘供血供氧不足，也可能引起先兆流产。还有孕妇存在贫血情况，血红蛋白携氧能力下降，胚胎得不到充足氧气供应，也易出现先兆流产。
父亲因素作用
精子染色体异常： 虽然占比相对胚胎因素等要低，但父亲的精子染色体如果出现异常，也可能传递给胚胎，影响胚胎正常发育，进而导致孕早期先兆流产。
环境因素干扰
化学物质接触： 孕妇过多接触某些有害化学物质，如铅、汞、苯、甲醛等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎发育，增加先兆流产发生的可能性。例如长期处于含有较高浓度甲醛的环境中工作或生活，就可能对胚胎产生不良影响。放射性物质暴露： 孕妇接触过量的放射性物质，如接受过腹部X线检查等，放射性可能会损伤胚胎的细胞，干扰胚胎正常的生长发育过程，引发先兆流产。