孕早期出现先兆流产的原因较多，其中胚胎因素是常见原因之一，约50% - 60%的先兆流产与胚胎染色体异常有关。
胚胎因素：
染色体异常： 无论是精子还是卵子的染色体出现数目或结构异常，都可能导致胚胎发育异常，从而引发先兆流产。例如，常见的染色体数目异常有三体综合征等情况。基因异常： 某些基因的突变或缺陷也会影响胚胎的正常发育，增加先兆流产的发生风险。
母体因素：
内分泌失调： 如黄体功能不全，怀孕后女性体内的孕酮主要由黄体分泌，若黄体功能不足，孕酮分泌量减少，就无法很好地维持子宫内膜的状态，容易引起先兆流产。据统计，约有20% - 30%的先兆流产与黄体功能不全有关。另外，甲状腺功能减退或亢进等甲状腺疾病，也会影响激素平衡，对妊娠产生不利影响，增加先兆流产几率。全身性疾病： 孕妇患有严重的感染性疾病，如高热可使子宫收缩，导致流产；患有高血压、心脏病等慢性疾病，会影响胎盘的血液供应，进而影响胚胎发育，引发先兆流产。
父亲因素：
精子染色体异常： 男性精子的染色体如果出现异常，也可能导致受精卵发育异常，增加孕早期先兆流产的发生可能性。虽然相对胚胎和母体因素，精子染色体异常导致先兆流产的比例相对低一些，但也是不可忽视的因素之一。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质，像苯、甲醛等，这些物质可能会损害胚胎，干扰胚胎的正常发育过程，从而引发先兆流产。例如，长期处于新装修且未充分通风的房屋中，接触甲醛等有害物质，就可能增加先兆流产风险。辐射暴露： 过量的辐射，如孕妇接受过高剂量的 X 射线等辐射，会对胚胎造成损伤，影响胚胎的生长发育，增加先兆流产的发生概率。