流行性乙型脑炎的治疗主要包括一般治疗、对症治疗和抗病毒治疗等方面。一般来说，要积极住院治疗，通常需要数周时间恢复。
一般治疗
隔离与休息： 患者需隔离在有防蚊设备的病房，要绝对卧床休息，保持室内安静、通风良好。护理与营养： 要注意口腔和皮肤的清洁，防止压疮。保证患者每日摄入足够的水分和营养，不能进食者可通过鼻饲或静脉补充营养和水分，一般每日需保证1500~2000毫升的液体摄入量。
对症治疗
降温： 高热是常见症状，需积极降温。可采用物理降温，如用冰袋放在患者的额头、腋下、腹股沟等部位，将室温控制在26~28℃。如果物理降温效果不佳，可使用药物降温，如安乃近滴鼻等，但要注意药物的副作用。一般要将体温控制在38℃左右。止惊： 对于出现惊厥或抽搐的患者，要使用止惊药物。常用的有地西泮，成人每次10~20毫克，小儿每次0.1~0.3毫克/千克静脉注射，但要注意注射速度不宜过快。降低颅内压： 颅内压增高是严重情况，需要使用脱水剂降低颅内压。常用20%甘露醇，每次1~2克/千克，快速静脉滴注，每4~6小时可重复使用一次。
抗病毒治疗
干扰素： 干扰素具有抗病毒作用，可用于流行性乙型脑炎的治疗。它可以调节机体的免疫功能，抑制病毒的复制，但使用时要注意其可能带来的发热、寒战等不良反应。利巴韦林： 利巴韦林是一种广谱抗病毒药物，对流行性乙型脑炎病毒有一定的抑制作用。一般可通过静脉滴注的方式给药，但要注意观察患者是否有贫血、胃肠道不适等不良反应。
恢复期及后遗症处理
康复治疗： 对于进入恢复期仍有神经系统后遗症的患者，要尽早进行康复治疗。如进行针灸、按摩、功能锻炼等。康复治疗一般需要持续数周甚至数月，以促进神经功能的恢复，提高患者的生活质量。心理支持： 由于疾病可能导致患者出现肢体瘫痪、认知障碍等后遗症，患者可能会产生焦虑、抑郁等心理问题，需要家人和医护人员给予心理支持，帮助患者树立康复的信心。