流行性乙型脑炎的治疗需综合多方面措施，一般来说要积极采取对症支持等治疗。
一般治疗与护理
隔离与环境： 患者需隔离在有防蚊设施的病房，保持安静，将室温控制在26℃左右，减少对患者的刺激。密切观察病情： 要密切监测患者的体温、呼吸、脉搏、血压等生命体征，以及意识状态等变化，及时发现病情变化。
对症治疗
降温： 高热是乙脑常见症状，可采用物理降温为主，如用冰袋冷敷患者的额头、腋下、腹股沟等部位，也可使用温水擦浴，将体温控制在38℃左右。若物理降温效果不佳，可遵医嘱使用药物降温，如安乃近等，但要注意药物可能带来的不良反应。控制惊厥： 对于出现惊厥的患者，要及时采取措施。可使用地西泮等药物来控制惊厥发作，同时要寻找引起惊厥的原因，比如是否有脑水肿等情况，并进行相应处理。降低颅内压： 乙脑患者可能会出现颅内压增高，表现为头痛、呕吐、视神经乳头水肿等。可使用甘露醇等药物来降低颅内压，减轻脑水肿，一般根据患者的具体情况，按照一定的剂量和给药间隔使用。
抗病毒治疗
早期使用干扰素： 在乙脑发病早期，可考虑使用干扰素等抗病毒药物，干扰素可以干扰病毒在宿主细胞内的复制过程，从而抑制病毒的增殖。不过，抗病毒治疗的效果还受到多种因素影响，需要根据患者的病情严重程度等综合判断是否使用及具体用法。注意药物副作用： 使用抗病毒药物时要密切关注患者是否出现不良反应，如干扰素可能会引起发热、乏力等不适症状，要及时进行处理。
恢复期及后遗症处理
康复治疗： 对于进入恢复期但仍有后遗症的患者，如存在肢体瘫痪、智力障碍等情况，要尽早开展康复治疗。康复治疗包括物理治疗，如通过按摩、被动运动等改善肢体功能；也包括针对智力障碍等进行的认知训练等。康复治疗需要长期坚持，根据患者的恢复情况逐步调整方案。营养支持： 在恢复期要保证患者的营养供应，给予富含蛋白质、维生素等营养物质的饮食，以促进患者身体的恢复，尤其是对于有神经功能缺损等情况的患者，充足的营养有助于身体的修复。