月经干净三天同房是否会怀孕不能确定，需依具体情况分析。
一、会怀孕。若平时月经周期较短，且月经持续时间较长，那么可能在月经干净三天时就已进入排卵期，此时若同房未采取有效避孕措施，则有怀孕可能。因为月经周期短，意味着排卵时间相对较早，而月经持续时间长，会使月经结束后距离排卵的时间缩短，所以即使是月经干净后三天，也可能处于排卵期，从而增加怀孕几率。
二、不会怀孕。要是平时月经周期较为规律，基本是一个月左右一次，并且月经持续时间在一周内，那么月经干净三天时通常尚未进入排卵期，所以怀孕可能性较小。此外，若同房时采取了有效的避孕措施，即便在排卵期同房，怀孕几率也不大。这是因为规律的月经周期可大致推测排卵时间，在月经干净三天时一般不在排卵期，而有效的避孕措施能进一步降低怀孕的风险。
总之，月经干净三天同房是否会怀孕不能一概而论，要综合考虑月经周期、月经持续时间以及是否采取避孕措施等多种因素。