梅克尔憩室的治疗主要以手术为主，一旦确诊通常建议尽早手术切除。因为梅克尔憩室可能会引发并发症，如憩室炎、出血、肠梗阻等，而手术是根治的方法。
手术治疗方式
腹腔镜手术： 这是较为常用的微创方式，具有创伤小、恢复快的特点。一般来说，术后患者住院时间相对较短，通常3 - 5天左右即可出院，且腹部切口小，美观性较好。开腹手术： 适用于一些复杂情况，比如憩室出现严重粘连、炎症广泛等情况。开腹手术视野相对开阔，能更直观地处理病变，但术后恢复时间相对较长，腹部切口愈合需要7 - 10天左右，术后疼痛可能也相对更明显一些。
无症状梅克尔憩室的处理
观察随访： 如果梅克尔憩室没有任何症状，比如没有出现出血、感染等情况，对于一些年龄较小、身体状况不适合立即手术的患儿，可以选择密切观察随访。一般建议每隔半年左右进行一次超声或者钡剂造影等检查，动态观察憩室的变化情况。
出现并发症时的治疗
憩室炎的治疗： 当梅克尔憩室发生憩室炎时，首先需要进行抗感染治疗，一般会选用广谱抗生素，如头孢类抗生素等。在抗感染的基础上，待炎症得到一定控制后，通常也需要进行手术切除憩室。一般抗感染治疗需要持续3 - 7天左右，然后再考虑手术。出血时的治疗： 如果梅克尔憩室引起出血，首先要进行止血等对症支持治疗，比如通过输血补充血容量等。然后也需要尽快安排手术，因为持续出血可能会导致严重贫血等并发症，手术的目的是切除憩室以彻底止血。