吞咽困难可能由多种原因引起。据统计，约有多种疾病或因素可导致吞咽困难。
口腔咽喉部疾病导致
口腔炎症： 如口腔溃疡，当溃疡较严重时，会在吞咽时刺激创面，引起疼痛，导致吞咽困难。一般口腔溃疡7~10天可自愈，但在此期间要避免吃辛辣刺激食物。咽部肿瘤： 咽部的良性或恶性肿瘤会占据咽部空间，阻碍食物通过。例如下咽癌，早期可能仅有吞咽异物感，随着病情进展，吞咽困难会逐渐加重。
食管疾病引发
食管炎： 反流性食管炎较为常见，胃酸反流刺激食管黏膜，引起炎症，导致吞咽时胸骨后疼痛并伴有吞咽困难。患者平时要注意少食多餐，避免睡前2~3小时进食。食管狭窄： 可由先天性因素或后天食管损伤、炎症后瘢痕形成导致。比如食管癌术后可能出现食管狭窄，患者会出现进行性吞咽困难，从吞咽固体食物困难逐渐发展到吞咽流质食物也困难。
神经系统病变所致
脑卒中： 脑部血管意外导致支配吞咽的神经功能受损，从而引起吞咽困难。大约有30%~65%的脑卒中患者会出现吞咽困难，发病后应尽早进行吞咽功能评估。帕金森病： 该病会影响神经系统对吞咽肌肉的控制，患者吞咽动作缓慢，容易出现食物滞留咽部的情况。一般发病后随着病情进展，吞咽困难会逐渐加重。
全身性疾病影响
重症肌无力： 这是一种神经肌肉接头传递功能障碍的自身免疫性疾病，会导致吞咽肌肉无力，出现吞咽困难。患者的症状具有波动性，晨轻暮重。糖尿病性神经病变： 长期糖尿病控制不佳可引起神经病变，累及支配吞咽的神经时，会出现吞咽困难。糖尿病患者要严格控制血糖，一般建议空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后2小时血糖控制在10mmol/L左右。