怀孕41天做B超一般能看清楚孕囊、胎芽和胎心搏动，但也可能存在个体差异。
通常情况下，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，可看到胎芽和胎心搏动。但如果月经周期不规律，受精卵着床较晚，可能会推迟看到孕囊、胎芽和胎心搏动的时间。
此外，孕囊、胎芽和胎心搏动的出现时间还与孕妇的身体状况有关。如果孕妇的月经周期较长，或者排卵较晚，孕囊、胎芽和胎心搏动的出现时间也会相应推迟。
需要注意的是，B超检查只能看到孕囊、胎芽和胎心搏动的大致情况，并不能完全排除宫外孕的可能。如果孕妇在怀孕41天做B超检查时没有看到孕囊、胎芽和胎心搏动，也不要过于担心，可以在一周后复查B超，以明确诊断。
如果孕妇在怀孕早期出现腹痛、阴道流血等异常情况，应及时就医，进行B超检查，以排除宫外孕或先兆流产的可能。同时，孕妇在怀孕早期应注意休息，避免过度劳累，保持心情舒畅，加强营养，补充叶酸，预防神经管畸形的发生。