怀孕41天做B超一般可以看出来，但也可能存在一些特殊情况。
一般情况下，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，可看到胎芽和原始心管搏动。但如果月经周期不规律，受精卵着床较晚，可能会推迟看到孕囊的时间。
此外，以下因素也可能影响B超检查结果：
孕囊的位置：如果孕囊位于子宫角部或宫角附近，B超可能难以发现。
孕囊的大小：孕囊过小，B超也可能无法清晰显示。
医生的经验和技术：不同医生的操作经验和技术水平可能会对检查结果产生影响。
如果怀孕41天做B超未看到孕囊，医生可能会建议进行其他检查，如血HCG检测、孕酮检测等，以帮助确定是否怀孕。如果血HCG升高，提示怀孕，但B超未见孕囊，需要警惕宫外孕的可能。此外，还需要排除胚胎发育不良或稽留流产的可能。
需要注意的是，B超检查对胎儿有一定的影响，一般不建议频繁进行。如果没有特殊情况，可在怀孕50天后进行B超检查，以确定孕囊的位置、大小和胚胎发育情况。
在等待B超检查结果的过程中，孕妇应保持良好的心态，注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。