胎记的形成原因较为复杂，目前研究认为主要与以下几方面因素有关。一般来说，胎记的形成涉及胚胎发育过程中的异常变化等。
血管异常导致的胎记
毛细血管瘤：这是较为常见的一种血管性胎记，是由于胚胎时期血管发育异常所致。在婴儿出生时或出生后不久就可能出现，表现为皮肤上有鲜红或紫红色的斑块，它是因为原始血管组织分化异常，导致毛细血管扩张增生形成。海绵状血管瘤：也是血管异常引起的胎记，是由众多薄壁血管组成的海绵状异常血管团。其形成与血管在胚胎发育过程中，血管内皮细胞异常增殖有关，可在皮肤表面呈现出蓝紫色的隆起肿块，质地柔软似海绵。
色素沉着相关的胎记
太田痣：这种胎记多与遗传等因素有关，一般在出生时或出生后不久出现，好发于面部单侧的眼周、颞部、颧部等部位，表现为蓝灰色、青灰色等色素沉着斑。研究发现，太田痣可能是胚胎发育过程中，黑素细胞从神经嵴向表皮移行时发生了异常，停留在真皮层导致色素沉积形成。蒙古斑：常见于婴儿的腰骶部等部位，表现为蓝色、蓝灰色的斑片。它的形成与胚胎发育时黑素细胞的分布有关，是黑素细胞在真皮深层聚集所引起，一般在儿童期可自行消退。
皮肤组织增生引起的胎记
皮脂腺痣：是一种皮肤附属器肿瘤，通常在出生时或出生后不久发生，表现为黄色、橙色的斑块，质地略硬。其形成是由于皮脂腺等皮肤附属器在胚胎发育过程中出现异常增生，导致局部皮肤出现特殊的表现。疣状痣：表现为淡黄色至棕黑色的疣状损害，呈线状分布。它是表皮细胞发育过度引起的表皮肿瘤，在胚胎发育早期，表皮细胞异常增殖，从而形成这种特殊形态的胎记。