胆管结石的治疗方法需根据病情等因素选择，一般来说，手术治疗是较为重要的方式，像腹腔镜胆管切开取石术，成功率较高，对于适合的患者能较好清除结石。
手术治疗方式
腹腔镜胆管切开取石术： 这是常用的微创手术方式，创伤相对较小，通常术后恢复较快。一般来说，这类手术适用于大多数胆管结石患者，尤其是结石数量不是特别多、胆管狭窄不严重的情况。开腹胆管切开取石术： 对于一些病情复杂，比如结石非常大、胆管狭窄严重或者腹腔镜手术难以完成的情况，会采用开腹手术。不过开腹手术创伤相对较大，恢复时间可能稍长。
内镜下治疗
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管造影后，用取石网篮等工具取出结石。这种方法对于适合的胆总管结石患者较为适用，尤其是年龄较大、身体状况较差不适合大手术的患者。但它也有一定限制，比如结石过大或者胆管解剖结构特殊可能不适用。内镜乳头括约肌切开术（EST）： 配合ERCP使用，切开乳头括约肌，便于取出结石。不过术后需要注意防止出血、感染等并发症。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸： 可以促进胆汁分泌，增加胆汁中胆汁酸含量，降低胆汁中胆固醇的饱和度，有助于小的胆管结石溶解。但一般需要较长时间服用，通常需连续服用数月，而且对于较大的结石效果不佳。抗感染药物： 当胆管结石伴有感染时，会使用抗生素来控制感染。比如常用的头孢菌素类抗生素等，根据感染的严重程度和细菌培养结果选择合适的抗生素。但药物治疗一般是作为辅助手段，不能单纯依靠药物治愈胆管结石。