胆管结石的治疗方法需根据具体情况选择，一般来说，对于无症状的胆管结石，可定期观察；而有症状或出现并发症的通常需要手术等干预。手术治疗中，腹腔镜胆管探查取石术较为常用，术后恢复相对较快，多数患者可在1~2周左右基本恢复正常生活。
手术治疗方式
腹腔镜胆管探查取石术： 这是比较常用的微创手术方式。通过在腹部打几个小孔，插入腹腔镜和手术器械进行操作，能清晰看到胆管内的结石并取出，创伤小，术后疼痛轻，恢复快。一般住院时间在5~7天左右。开腹胆管切开取石术： 适用于病情较复杂、腹腔镜手术难以完成的情况。手术切口较大，创伤相对大，术后恢复时间较长，可能需要10~14天甚至更久才能基本康复。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管注入造影剂显示胆管，然后用取石网篮等取出结石。对于适合的患者，术后观察1~2天若无异常即可出院。但有一定的穿孔等并发症风险，发生率约1%~2%。内镜下鼻胆管引流术（ENBD）： 主要用于胆管炎等情况，通过内镜放置鼻胆管引流胆汁，缓解胆道梗阻和感染，一般放置1~2周后根据情况拔除。
药物辅助治疗
抗生素： 当胆管结石合并胆管炎时，需要使用抗生素控制感染，常用的有头孢曲松等，一般需要用药5~10天，具体根据感染控制情况调整。但药物不能替代手术取出结石，只是起到辅助控制炎症的作用。熊去氧胆酸： 可以溶解部分胆固醇结石，但对于胆管结石的溶解效果有限，一般需要连续服用3~6个月甚至更长时间，而且并非所有胆管结石都适合用该药，使用前需评估结石性质等情况。