双肾结石的治疗需根据结石大小、症状等综合判断。一般来说，直径小于0.6厘米的肾结石，有自行排出的可能。
保守治疗
多饮水： 每天饮水量要达到2000~3000毫升以上，大量饮水可以增加尿量，有助于小结石的排出。比如起床后、餐前30分钟、睡前等时间段都可适当饮水。适度运动： 可以进行跳绳、蹦跳等运动，帮助结石移动，促进排出。但如果结石引起剧烈疼痛等严重症状时，要避免剧烈运动。
药物辅助治疗
排石药物： 可以使用一些促进结石排出的药物，如枸橼酸氢钾钠等，它能改变尿液酸碱度，抑制结石形成，帮助结石排出。不过药物的使用要在医生指导下进行。缓解疼痛药物： 当肾结石引起疼痛时，可使用非甾体类抗炎药，如布洛芬等，缓解疼痛症状。但这类药物不能长期大量使用，以免引起不良反应。
手术治疗
体外冲击波碎石： 适用于直径在0.6~2厘米之间的肾结石。利用冲击波聚焦后作用于结石，使结石粉碎，然后随尿液排出体外。一般来说，经过1~2次体外冲击波碎石可能就能取得较好效果，但部分患者可能需要多次治疗。输尿管镜取石术： 如果结石较大，体外冲击波碎石效果不佳，或者结石位置特殊，可采用输尿管镜取石术。通过尿道插入输尿管镜，找到结石后用套石篮等将结石取出。这种手术创伤相对较小，但也有一定的手术风险，如感染等。经皮肾镜取石术： 对于较大的肾结石，直径大于2厘米的，经皮肾镜取石术是比较常用的方法。通过腰部建立通道，将肾镜插入肾脏，利用激光等设备将结石击碎并取出。该手术相对来说取石较彻底，但术后恢复需要一定时间。