双肾结石的治疗需根据结石大小、症状等综合判断。一般来说，直径小于0.6厘米的肾结石，可通过大量饮水等方式促进排出；若结石较大，则可能需要手术等干预。
一、药物辅助排石
缓解疼痛药物：当双肾结石引起疼痛时，可使用非甾体类抗炎药，如布洛芬等，能起到一定的镇痛作用。不过这类药物需在医生指导下使用，避免自行滥用。碱化尿液药物：比如枸橼酸氢钾钠等药物，可使尿液碱化，有助于某些成分结石的溶解，像尿酸结石等可能会受益于尿液碱化，但具体用药要根据结石成分来定。
二、保守观察情况
结石较小且无症状：如果双肾结石直径均小于0.4厘米，而且患者没有明显的腰痛、血尿等症状，可选择保守观察。此时要定期复查泌尿系统超声，观察结石的变化情况，一般建议每3 - 6个月复查一次。在观察期间，要保持良好的生活习惯，保证每日饮水量在2000 - 3000毫升以上，多排尿，促进小结石的排出。结石虽小但有潜在风险：若双肾结石虽然直径小于0.6厘米，但存在尿路感染等情况，那可能就不能单纯保守观察，需要综合治疗。
三、手术治疗情况
体外冲击波碎石：适用于结石直径在0.6 - 2厘米左右的双肾结石。通过体外产生的冲击波聚焦后作用于结石，将结石击碎，然后随尿液排出体外。一般来说，单次体外冲击波碎石间隔时间建议在7 - 10天以上，但具体要根据患者恢复情况等由医生判断。不过对于一些凝血功能异常、妊娠等患者不适合该方法。输尿管镜取石或经皮肾镜取石：当结石较大，如直径大于2厘米，或者体外冲击波碎石效果不佳等情况时，可能需要进行输尿管镜取石或经皮肾镜取石手术。经皮肾镜取石适用于肾脏较大结石等情况，手术有一定的创伤，但能有效取出较大的结石。不过术后需要注意休息，预防感染等并发症。