肛瘘常见的症状主要有肛周反复流脓，据统计，约80%以上的肛瘘患者会出现这个症状，脓液量时多时少，当引流不畅时，脓液会增多，局部会有肿痛感。
肛周肿痛情况
急性发作期肿痛：当肛瘘内口感染，炎症蔓延时，会出现急性发作期的肿痛。一般在肛旁可摸到硬结，疼痛较为明显，尤其在行走、坐立等活动时，疼痛会加剧，这种肿痛可能会持续数天甚至数周。慢性期隐痛：在肛瘘慢性期，也可能会有隐痛感，一般疼痛程度相对较轻，但也会间断出现，患者能感觉到肛周有轻微的不适。
肛周瘙痒表现
分泌物刺激：肛瘘会不断有脓性、血性或者黏液性分泌物排出，这些分泌物会刺激肛周皮肤，导致肛周瘙痒。分泌物的量越多，对皮肤的刺激就越严重，瘙痒感也会越明显。比如，有的患者每天都会有较多分泌物渗出，肛周皮肤就会长期处于被刺激的状态，瘙痒难忍。皮肤潮湿：由于分泌物的存在，肛周皮肤会处于潮湿的环境中，这也会加重瘙痒感，而且长期潮湿还可能引发肛周皮肤的湿疹等其他皮肤问题。
全身症状情况
低热表现：当肛瘘出现急性炎症时，可能会伴有低热症状。一般体温在37.5℃~38℃左右，这种低热可能会持续一段时间，当炎症得到控制后，体温会逐渐恢复正常。但如果肛瘘反复感染，低热可能会间断出现。身体消瘦：长期患有肛瘘的患者，由于反复的炎症刺激、分泌物流失等原因，可能会出现身体消瘦的情况。因为身体长期处于慢性消耗状态，营养物质不能很好地被吸收利用，所以会导致体重下降，身体变得消瘦。