肛瘘主要症状有肛周反复流脓，据统计约50%以上的肛瘘患者会出现这种情况，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生成的瘘管流脓较多，脓液黏稠、黄色、有臭味，时间长久的排脓较少，或时有时无。
肛周疼痛表现
间歇性疼痛： 当瘘管通畅时，一般疼痛不明显，仅有局部坠胀感。但当脓液排出不畅，堵塞瘘管时，会出现明显的疼痛，这种疼痛多为间歇性发作，时轻时重。疼痛程度差异： 对于单纯性肛瘘，疼痛相对较轻；而复杂性肛瘘，由于瘘管复杂，分支较多，疼痛往往较为剧烈，可影响患者的日常活动和睡眠。
瘙痒症状情况
肛周瘙痒难耐： 由于肛瘘不断有脓液流出，刺激肛周皮肤，会引起肛周瘙痒。患者会不自觉地搔抓肛周，长期搔抓可导致肛周皮肤增厚、色素沉着等改变。而且这种瘙痒感往往比较顽固，难以缓解，严重影响患者的生活质量。皮肤改变： 长期受脓液刺激和搔抓，肛周皮肤可出现湿疹样改变，皮肤变得粗糙、脱屑等，进一步加重瘙痒症状。
全身症状体现
发热情况： 当肛瘘出现急性感染时，患者可出现发热症状，体温一般在38℃左右，也有部分患者体温可高达39℃以上。同时还可能伴有寒战、乏力等全身不适症状。当感染得到控制后，发热等全身症状可逐渐消退。消瘦表现： 慢性肛瘘患者由于长期脓液流出，身体消耗增加，如果患者营养摄入不足，可能会出现消瘦、贫血等情况，表现为体重下降、面色苍白等。