尿路结石形成的原因较为复杂，主要与代谢因素、局部因素和药物因素等有关。比如，尿液中一些物质浓度过高，像草酸、钙、尿酸等，就容易析出形成结石。正常情况下，尿液中各种成分处于平衡状态，但当代谢出现紊乱时，这种平衡被打破，就可能引发结石。
代谢因素相关
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。比如，正常人尿液中钙的浓度如果长期处于较高水平，超过了尿液的溶解度，钙就会析出形成草酸钙结石等。一般来说，尿液中草酸浓度升高是草酸钙结石形成的重要因素之一，有研究发现，草酸钙结石患者尿液中草酸含量比正常人高很多。尿量减少： 尿量减少会使尿液中有害物质的浓度升高，增加结石形成的风险。正常人每天尿量应在1500毫升以上，如果尿量少于1000毫升，尿液浓缩，就更易形成结石。比如，一些出汗多的人，如果没有及时补充水分，尿量减少，就容易长尿路结石。
局部因素相关
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液淤积，使尿液中的晶体物质更容易沉积，从而形成结石。像先天性输尿管狭窄、前列腺增生等疾病都可能引起尿路梗阻。例如，前列腺增生的患者，由于尿道被增生的前列腺组织堵塞，尿液排出不畅，尿液中的杂质就容易沉淀形成结石。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使结石形成。比如，变形杆菌等细菌能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。而且，感染的尿液中细菌等还会干扰尿液的正常代谢，增加结石形成的几率。
药物因素相关
某些药物导致： 一些药物服用后可能会增加结石形成的风险。比如，氨苯蝶啶、茚地那韦、硅酸盐和磺胺类药物等。以磺胺类药物为例，其溶解度较低，在尿液中容易析出形成结晶，进而发展为结石。如果长期服用这类药物，就需要密切监测尿液情况，预防结石形成。