乳头内陷主要是由多种因素引起的，其中先天性因素较为常见，约占总原因的2/3。
先天性发育异常导致
乳腺导管短缩： 在胚胎发育过程中，如果乳腺导管发育出现异常，就可能导致导管短缩。这会使得乳头及乳晕下的纤维组织发育不良，从而牵拉乳头，造成乳头内陷。一般从青春期开始就能发现这种情况，因为青春期乳房发育时，乳头本该逐渐突出，但由于导管短缩，就无法正常突出。乳头平滑肌发育不良： 乳头是由平滑肌等组织构成的，若乳头平滑肌发育不良，就会使乳头内部的支撑结构异常。平滑肌发育不良会导致乳头不能正常向外凸起，进而引发乳头内陷。这种情况在先天性因素中也比较常见，可能从出生时就存在一定的发育倾向，但在青春期乳房发育时才会明显表现出来。
疾病因素引发
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能导致乳头内陷。例如乳腺炎，在炎症长期刺激下，乳房组织可能会发生粘连、挛缩等改变，进而影响到乳头的正常位置，导致乳头内陷。还有乳腺肿瘤，当乳房内的肿瘤生长到一定程度，侵犯周围组织时，也可能牵拉乳头，引起乳头内陷。一般这类疾病引起的乳头内陷可能会伴有乳房局部的其他症状，如乳房肿块、疼痛等。胸部疾病： 胸部的一些疾病也可能间接导致乳头内陷。比如胸部的外伤愈合后形成瘢痕，瘢痕挛缩可能会牵拉乳头，导致乳头内陷。另外，先天性的胸部肌肉发育不良等情况，也可能影响到乳头的正常位置，引发乳头内陷。
后天因素造成
穿着不合适的内衣： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳房造成压迫，限制乳房的正常发育，包括乳头的正常突出。特别是在青春期发育阶段，如果穿着过紧的内衣，就容易导致乳头被挤压在内，无法正常突出，久而久之就可能形成乳头内陷。一般建议青春期女性选择合适尺码、宽松舒适的内衣，以利于乳房正常发育。乳头受到外伤： 乳头如果受到外伤，比如碰撞、挤压等，在愈合过程中可能会形成瘢痕组织。瘢痕组织收缩就可能牵拉乳头，导致乳头内陷。例如女性在运动过程中不小心撞到乳头，或者日常生活中乳头受到外力挤压等情况，都可能引发乳头内陷。