乳头内陷主要是由多种因素引起的，其中先天性因素较为常见，约占大部分情况。比如，乳房发育过程中，乳腺导管短缩，周围组织纤维挛缩等，就可能导致乳头内陷。
先天性发育异常导致
乳腺导管短缩： 在胚胎发育时期，乳腺导管的发育出现异常，部分女性的乳腺导管相对较短，无法正常将乳头向外牵拉，从而引发乳头内陷。一般从青春期开始就可能逐渐显现这种情况，而且往往双侧乳房可能都会出现类似问题，但程度可能有所不同。周围组织纤维挛缩： 乳房内部的一些纤维组织出现异常挛缩，会对乳头产生牵拉作用，使得乳头不能正常突出，长期下来就形成了乳头内陷的状态。这种先天性的纤维组织问题，会随着身体的生长发育而逐渐明显。
疾病因素引发
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能导致乳头内陷，比如乳腺炎后期形成瘢痕组织，瘢痕组织收缩就会牵拉乳头，引起乳头内陷。还有乳腺肿瘤，当肿瘤生长在乳头下方或附近时，随着肿瘤的增大，会侵犯周围组织，包括牵拉乳头，导致乳头内陷。例如乳腺癌，肿瘤细胞侵犯乳腺导管及周围组织，可使乳头逐渐内陷。内分泌疾病： 内分泌失调也可能与乳头内陷有一定关联。比如垂体疾病等影响了激素的正常分泌，激素水平的紊乱可能会干扰乳房的正常发育，进而导致乳头内陷。不过这种因内分泌疾病导致的情况相对较少见，但也是需要考虑的一个方面。
穿着不当造成
内衣过紧： 长期穿着过紧的内衣，尤其是青春期女性胸部开始发育时，如果内衣选择不合适，过紧的内衣会持续对乳房施加压力，限制乳头的正常突出，时间一长就容易引起乳头内陷。比如一些为了追求身材曲线而选择过小过紧的胸罩，就可能影响乳头的正常发育。束胸： 有些女性为了追求所谓的“扁平胸部”效果而进行束胸，这会严重阻碍乳房的正常发育，包括乳头的正常突出，导致乳头内陷的发生概率大大增加。束胸会使乳房受到过度压迫，影响乳腺组织和乳头的正常生长。