葡萄胎的发生主要与受精卵异常有关，目前认为可能有以下几方面原因。首先是营养因素，研究发现，饮食中缺乏维生素A以及胡萝卜素和动物脂肪的女性，发生葡萄胎的几率相对较高。比如，长期饮食结构不合理，缺乏必要营养成分的女性，更容易出现葡萄胎情况。
染色体异常因素
完全性葡萄胎： 染色体核型通常是二倍体，全部染色体来自父系，也就是由一个细胞核基因物质缺失或失活的空卵与一个单倍体精子受精，随后精子的染色体发生复制导致。部分性葡萄胎： 染色体核型多数为三倍体，通常是由一个正常卵子与两个精子受精，或者是由一个正常精子与减数分裂失败的卵子受精所致。
内分泌失调因素
激素水平异常： 体内的绒毛膜促性腺激素（hCG）水平异常升高与葡萄胎的发生密切相关。如果女性体内hCG分泌过多，就可能影响胚胎的正常发育，增加葡萄胎的发生风险。比如，正常妊娠时hCG会在特定时间内按规律增长，而葡萄胎患者体内hCG水平会异常升高且持续不降。卵巢功能不佳： 卵巢功能如果出现问题，比如黄体功能不足等情况，会影响激素的正常分泌和调节，进而干扰胚胎的着床和发育，增加葡萄胎发生的可能性。
其他因素
年龄因素： 女性年龄是一个重要的相关因素。年龄小于20岁和大于35岁的女性发生葡萄胎的几率相对较高。年轻女性的生殖系统可能还未完全成熟，而高龄女性卵子质量下降，染色体容易出现异常，从而增加葡萄胎发生风险。既往病史： 如果女性既往有过葡萄胎病史，那么再次发生葡萄胎的风险会明显增加。比如，曾经有过一次葡萄胎妊娠的女性，再次妊娠时葡萄胎的发生率比普通女性要高很多。