如果是规律性的作痛，那就表明是宫缩，这提示为临产征兆，此时孕妇应尽快入院待产。而要是不规律性的作痛，则有可能是肠道痉挛或者是卵巢囊肿扭转破裂。在孕晚期39周时，小腹隐隐作痛往往是子宫收缩所导致。子宫收缩在39周时已开始出现，孕妇对于宫缩的主观感受便是小腹隐隐作痛，会从不规律逐渐发展为规律。
一、临产征兆：孕妇需要及时入院待产。在这期间，孕妇可以选择听一些自己喜爱的音乐来缓解因宫缩而产生的紧张情绪，此时尽量选择听节奏柔和或欢快的音乐，从而给胎儿传递一种愉快和舒畅的心情。同时要注意休息，在怀孕晚期避免登高和提重物，保持规律的生活饮食，保持心情舒畅，适当进行运动，这样有利于顺产。
二、肠道痉挛：肠痉挛一般是由于胃肠道受凉所引起，有些是因为食用过冷食物的刺激，还有些是由于吹了冷空气导致。这种情况通常不需要特殊治疗。这时，孕妇可以喝些热水，温暖腹部，并且适当按摩腹部。经过这些简单的调理，肠痉挛的一般状况通常会得到改善。
三、卵巢囊肿扭转破裂：在孕晚期发生卵巢囊肿破裂时，我们需要判断肿瘤的性质。如果怀疑有恶变，就需要进行手术治疗。如果是纯囊性囊肿破裂，大多是巧克力囊肿，一般采取保守治疗，往往就能好转。当然，在孕晚期临近预产期时发生卵巢囊肿破裂，我们可以在剖宫产的同时进行囊肿剥除，并对局部创面进行缝合。遇到这种情况一定要及时就医，切不可自行治疗。
总之，孕晚期39周小腹隐隐作痛可能有多种情况，要根据具体表现来判断原因，并采取相应的措施。