霉菌性龟头炎通常可选用抗真菌药物治疗，一般局部外用药物较为常用，比如克霉唑乳膏，它是治疗霉菌性龟头炎的常用药之一，能抑制真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。
外用抗真菌药物
克霉唑乳膏： 属于广谱抗真菌药，对多种真菌尤其是白色念珠菌有较好的抗菌作用。使用时需清洁龟头后，取适量药膏均匀涂抹在患处，一般每天涂抹2 - 3次。咪康唑乳膏： 同样是抗真菌外用制剂，能干扰真菌细胞的合成，从而起到杀菌、抑菌的效果。用法是洗净龟头后，将药膏薄涂于患处及周围皮肤，一日1 - 2次。
口服抗真菌药物
氟康唑： 是一种口服的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢而发挥作用。不过，口服药一般适用于病情较严重、外用药物效果不佳或反复发作的情况，通常成人一次服用50 - 100毫克，具体剂量需遵医嘱。但需要注意的是，肝功能不全者要慎用。伊曲康唑： 也是口服抗真菌药，能高度选择性地抑制真菌细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜合成。口服时一般需要根据病情调整剂量，同样，肝功能异常者需谨慎使用。
用药时的注意事项
个人卫生方面： 在用药治疗霉菌性龟头炎期间，要保持龟头部位的清洁干燥，每天用清水清洗龟头，避免不洁性生活，更换宽松透气的内裤，防止局部潮湿加重病情。特殊人群： 对于糖尿病患者，要积极控制血糖，因为高血糖环境有利于霉菌生长繁殖，会影响霉菌性龟头炎的治疗效果，甚至导致病情反复。孕妇患有霉菌性龟头炎时，用药需格外谨慎，应在医生指导下选择相对安全的外用药物，避免使用口服抗真菌药，以防对胎儿产生不良影响。