马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗，一般规范用药可取得较好效果。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂：可以抑制马拉色菌的生长繁殖。使用时取适量洗剂涂抹在患处，轻轻按摩几分钟后洗净，一般每周使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，直接涂抹于患处，每天1次，连续使用2 - 4周左右，能有效抑制马拉色菌。
口服抗真菌药物方案
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药，一般需要连续服用1 - 2周。它可以作用于马拉色菌的细胞成分，起到杀菌作用，但需要注意肝功能情况，用药前和用药过程中可能需要监测肝功能。氟康唑：也可用于马拉色菌毛囊炎的治疗，通常每周服用1 - 2次，连续服用数周，具体疗程需根据病情严重程度由医生决定。
日常护理注意事项
保持皮肤清洁干燥：马拉色菌喜欢在温暖潮湿的环境中生长，所以要经常洗澡，尤其是运动出汗后及时清洁皮肤，洗完澡后要用毛巾擦干身体，特别是容易长毛囊炎的部位，如背部、胸部等。建议每天至少清洗一次身体。更换贴身衣物：贴身的衣物，像内衣、床单、被罩等要经常更换，并且最好用热水清洗，因为热水可以杀死马拉色菌。建议每周至少更换2次贴身衣物。
避免诱因很关键
减少出汗：尽量避免长时间处于高温环境，减少剧烈运动出汗过多的情况。如果因为工作等原因出汗较多，要及时擦干并更换衣物。例如在炎热的夏天，可适当减少户外活动时间。避免滥用激素类药物：激素类药物会抑制机体的免疫功能，容易导致马拉色菌等真菌过度繁殖，所以不要自行滥用激素类药膏或口服激素类药物，如有需要使用激素类药物的情况，一定要在医生指导下谨慎使用。