治疗鼻窦炎的药物有多种，常见的有抗生素类药物、鼻用糖皮质激素等。一般来说，根据病情不同用药有所差异。
抗生素类药物
青霉素类：如果是细菌感染引起的鼻窦炎，青霉素类药物可能会用到，比如阿莫西林等。但要注意对青霉素过敏的人不能用。头孢菌素类：像头孢呋辛酯等，也是针对细菌感染的鼻窦炎，不过使用前要确认没有头孢类药物过敏史。
鼻用糖皮质激素
布地奈德鼻喷雾剂：它能减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般成人常用，但是儿童使用时要在医生指导下，根据年龄等情况合理应用。糠酸莫米松鼻喷雾剂：也可用于减轻鼻窦炎引起的鼻腔黏膜炎症，对于成人和青少年患者适用，不过孕妇、哺乳期女性使用时需谨慎，要咨询医生。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊：可以促进鼻窦分泌物的排出，改善鼻窦的通气引流。成人一般按照说明书规定服用，儿童用药则需要根据体重等因素调整剂量，在医生指导下使用。
减充血剂
麻黄碱滴鼻液：能减轻鼻黏膜充血肿胀，缓解鼻塞症状，但不能长期使用，一般连续使用不超过7天，否则可能会引起药物性鼻炎等不良反应。儿童使用这类药物要格外小心，需遵医嘱。