治疗鼻窦炎常用的药物主要有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，抗生素使用疗程通常为10天左右。
抗生素类药物
青霉素类： 如阿莫西林，适用于革兰阳性菌及部分革兰阴性菌感染引起的鼻窦炎。但对青霉素过敏者禁用。头孢菌素类： 像头孢克洛，对多种细菌有抗菌活性，可用于鼻窦炎的治疗。不过，有头孢菌素类药物过敏史者应避免使用。
鼻用糖皮质激素
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般建议成人及青少年使用，2岁以下儿童不推荐使用。布地奈德鼻喷雾剂： 也可有效改善鼻腔炎症，适用人群为6岁及以上儿童和成人，使用时需注意按照正确方法操作。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以促进鼻腔和鼻窦分泌物排出，改善纤毛运动功能。成人一般一次0.3g，一日3-4次；儿童用药需根据年龄和体重调整剂量，建议在医生指导下使用。欧龙马口服滴剂： 同样有助于稀化黏液，促进排出，儿童用药时要严格遵循医嘱。
减充血剂
麻黄碱滴鼻液： 能收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞症状，但连续使用一般不宜超过7天，否则可能引起药物性鼻炎。赛洛唑啉鼻用喷雾剂： 也可缓解鼻塞，但儿童使用时要谨慎，6岁以下儿童不建议使用。