一、感染性因素
细菌、病毒等病原体感染眼部可引发晨起眼睛红。例如细菌性结膜炎，多因不注意眼部卫生，接触污染物品后用手揉眼，导致细菌（如金黄色葡萄球菌等）感染结膜，炎症刺激使结膜血管扩张，出现晨起眼睛红，常伴有眼部分泌物增多，分泌物可为脓性或黏液性。病毒性结膜炎则多由腺病毒等感染引起，除眼睛红外，还可能伴有流泪、畏光等症状，具有一定传染性。
二、过敏性因素
接触过敏原是常见原因。如枕套、被套上的尘螨，空气中的花粉、柳絮等，人体接触过敏原后引发过敏反应，导致眼部结膜充血水肿，出现晨起眼睛红，常伴有眼痒等症状，过敏体质人群更易受此影响。
三、干眼症
夜间睡眠时泪液分泌减少，且眨眼次数降低，泪膜稳定性下降，眼球表面缺乏有效润滑，晨起可出现眼睛红。长时间使用电子设备、处于空调房间等环境的人群，因泪液蒸发过快，易患干眼症，从而导致晨起眼睛红。
四、眼部外伤
夜间睡眠中不小心碰到眼睛，或眼部受到其他外力冲击，造成眼部组织轻微损伤，晨起可表现为眼睛红。外伤程度较轻时可能仅有局部充血，严重时可能伴有疼痛、视物模糊等情况。
五、全身性疾病影响
某些全身性疾病可累及眼部导致晨起眼睛红。例如高血压患者血压波动时，可引起眼部血管压力变化，出现眼部充血发红；糖尿病患者血糖控制不佳时，高血糖状态可能影响眼部血管及神经，导致眼部出现红等异常表现；此外，自身免疫性疾病如类风湿关节炎等，也可能累及眼部引发眼睛红。
特殊人群方面，儿童晨起眼睛红需警惕眼部感染或过敏，因其眼部较娇嫩，应避免随意揉眼，若持续不缓解需及时就医；老年人晨起眼睛红要重点排查全身性疾病，因其基础疾病相对较多，需综合评估身体状况；女性若晨起眼睛红，需考虑是否与化妆品、护肤品过敏相关，应注意观察接触史并排查可能过敏原。