射精后肾疼的原因包括肾虚、精囊炎、肾结石等。
一、肾虚：如果患者长期有手淫行为，致使肾精不足，进而引发肾虚，就会出现射精后肾疼的情况，同时还可能伴有健忘、腰膝酸软、乏力、性功能减退等表现。对此，患者可在医生指导下使用河车大造丸、金匮肾气丸等中成药来治疗。河车大造丸主要成分有紫河车、熟地黄、天冬、麦冬等，具有滋阴清热、补肾益肺的功效，适用于肺肾两亏等情况；金匮肾气丸主要由地黄、山药、山茱萸、泽泻等组成，有温补肾阳、化气行水的作用，可用于肾阳虚等病症。
二、精囊炎：通常是由大肠埃希菌、克雷伯产气杆菌、变形杆菌等细菌感染所导致。在射精时会牵扯到腰部神经，从而引起肾疼症状。患者可遵医嘱使用左氧氟沙星、环丙沙星等抗生素药物进行治疗。左氧氟沙星可用于敏感细菌所引起的多种感染；环丙沙星对多种细菌也有较好的抗菌效果。
三、肾结石：指的是晶体物质从尿液中析出并沉积在肾脏内，射精会导致肾结石活动，对肾脏产生刺激进而引发疼痛症状。患者可以采取体外冲击波碎石手术进行治疗。
总之，当出现射精后肾疼时，应注意养成良好的生活方式，戒掉自慰，保证充足睡眠，避免过度劳累。同时要及时就医，明确具体原因，并在医生的指导下进行针对性的治疗。