肛周脓肿最佳的治疗方法通常是手术，其中一次性根治术是比较常用的。一般来说，确诊肛周脓肿后，若符合手术指征，应尽早进行手术，通常在发病后1周内手术效果较好。
手术治疗方式
低位肛周脓肿根治术： 对于单纯低位的肛周脓肿，可直接切开脓肿，找到内口后，将感染的肛腺及内口一并处理，能一次性解决问题，术后恢复相对较快，一般创面愈合需要2~4周左右。高位肛周脓肿挂线术： 如果是高位的肛周脓肿，多采用挂线术。利用橡皮筋的慢性切割作用，缓慢切开脓肿，同时保护肛门括约肌功能，避免一次性切断括约肌导致肛门失禁。挂线后一般10~14天橡皮筋会脱落。
非手术治疗情况
初期感染较轻时： 对于一些初期感染范围小、症状较轻的肛周脓肿，可先尝试非手术治疗。比如使用抗生素，根据病情选择合适的抗生素，像头孢类抗生素等，通过静脉或口服给药来控制感染，但非手术治疗有一定局限性，多数情况下最终还是需要手术。一般抗生素使用疗程可能为3~5天，观察症状是否缓解。配合坐浴等辅助治疗： 在非手术治疗期间，可配合温水坐浴，每天1~2次，每次15~20分钟，能促进局部血液循环，缓解疼痛、肿胀等症状。但坐浴只能作为辅助手段，不能替代手术。
术后注意事项
创面护理： 术后要保持创面清洁，按时换药，防止创面感染。换药时医生会观察创面愈合情况，一般出院后可能需要每周到医院换药2~3次，直到创面完全愈合。饮食调整： 术后要注意饮食，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘对创面的刺激。一般建议每天摄入蔬菜500克左右、水果200克左右，防止大便干结引起疼痛出血。同时要避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免加重局部充血水肿。