肛周脓肿最佳治疗方法是手术治疗，一旦确诊，通常建议在发病后的24-48小时内尽早进行手术。手术方式主要有两种，一是单纯切开引流术，适用于大部分肛周脓肿患者，通过切开脓肿，排出脓液，缓解症状，但术后有形成肛瘘的可能；二是一次性根治术，对于部分位置较简单、炎症局限的肛周脓肿，可一次性切除脓肿及内口，避免二次手术。
手术治疗的优势
快速缓解症状： 手术能迅速切开脓肿，排出脓液，减轻局部的肿胀、疼痛等症状，一般术后当天疼痛就会明显减轻。防止感染扩散： 肛周脓肿若不及时手术，感染可能会向周围组织蔓延，引起更严重的蜂窝织炎甚至脓毒血症，手术可以有效阻止感染扩散。
非手术治疗的情况
早期炎症较轻时： 对于一些炎症局限、脓肿较小且患者身体状况不适合立即手术的情况，可以先尝试非手术治疗。非手术治疗主要是应用抗生素，可根据脓液培养和药敏试验结果选择敏感抗生素，一般需要使用抗生素3-5天观察效果。但非手术治疗有一定局限性，约2/3的患者最终还是需要手术治疗。
术后护理要点
创面清洁： 术后要保持肛周创面清洁，每次排便后用温水清洗肛门，可遵医嘱用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1-2次，每次15-20分钟，这样能减少细菌感染，促进创面愈合。饮食调整： 术后要注意饮食，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘，因为便秘会增加排便时对创面的压力，影响愈合；同时要避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、饮酒等，这些食物会刺激创面，加重疼痛和不适。