先兆流产的原因较多，其中染色体异常是常见因素之一，约50%~60%的早期自然流产是由染色体异常导致的。
染色体因素：
胚胎染色体异常： 夫妻任何一方染色体异常都可能遗传给胚胎，导致胚胎染色体异常，从而引发先兆流产。这种情况在早期流产中占比较高。父母染色体问题： 若父母一方存在染色体结构或数目异常，就容易使胚胎出现染色体异常情况，增加先兆流产风险。
母体因素：
内分泌失调： 比如黄体功能不全，女性黄体分泌的孕酮不足，就无法维持胚胎正常发育，易引起先兆流产。据统计，因黄体功能不全导致先兆流产的占相当比例。甲状腺功能减退也会影响胚胎发育，增加先兆流产几率。子宫异常： 子宫畸形，像纵隔子宫、双角子宫等，会影响胚胎着床和发育；子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会干扰胚胎生长环境，引发先兆流产。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体自身存在免疫抗体，如抗磷脂抗体综合征，抗体攻击胎盘组织，影响胎盘血供，导致先兆流产。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受不足，免疫系统攻击胚胎，引发免疫排斥反应，造成先兆流产。
外界因素：
不良生活习惯： 长期吸烟、酗酒，孕妇大量吸烟喝酒，其中的有害物质会影响胚胎发育，增加先兆流产发生的可能性。过度劳累也是一个因素，孕妇身体过度劳累，会使身体处于应激状态，不利于胚胎稳定。环境因素： 接触过多放射性物质、化学毒物，如苯、甲醛等，会对胚胎造成损害，引发先兆流产。孕妇长时间处于污染严重的环境中，也容易出现这种情况。