先兆流产的原因有多种。其中，胚胎因素是常见原因之一，约50% - 60%的先兆流产与胚胎染色体异常有关，比如夫妻一方染色体异常可遗传给胚胎，导致胚胎染色体异常引发流产。
母体因素：
内分泌异常： 孕妇黄体功能不全是常见情况，约占先兆流产病因的20%。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能维持妊娠蜕膜的正常发育，从而引起流产。另外，甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，也会影响胚胎的发育，增加先兆流产的风险。全身性疾病： 孕妇患有严重感染时，细菌毒素或病毒可通过胎盘进入胎儿体内，使胎儿中毒死亡，引发流产。例如孕妇感染风疹病毒、巨细胞病毒等。还有，孕妇患严重贫血或心力衰竭可导致胎儿缺氧，也可能引起先兆流产。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇自身存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病时，体内的自身抗体可攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，导致先兆流产。研究发现，约15% - 20%的复发性流产与抗磷脂抗体相关。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，使得母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，从而引发先兆流产。比如孕妇的封闭抗体缺乏，不能有效地保护胚胎。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇过多接触某些化学物质，如铅、汞、苯、甲醛等，这些化学物质可通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿的正常发育，增加先兆流产的发生几率。例如长期在新装修且未通风良好的房间居住的孕妇，接触甲醛等有害物质的风险较高。放射性物质接触： 孕妇接触过量的放射性物质，如X射线等，可导致胚胎细胞染色体畸变，引起流产。比如在放射科工作的孕妇，如果防护不当，接触到较多的放射性物质，就容易出现先兆流产情况。