肺血栓的治疗需根据病情严重程度等采取不同措施，一般来说，急性肺血栓栓塞症患者可通过药物等方式治疗。
药物治疗方面
抗凝药物：常用的有肝素，包括普通肝素和低分子肝素。普通肝素需要监测凝血指标来调整剂量，低分子肝素相对更方便，一般不需要频繁监测凝血，但也有其使用注意事项。华法林也是常用抗凝药，不过用药过程中需要定期检测国际标准化比值（INR），将INR控制在2 - 3之间才能起到较好抗凝效果，而且华法林与很多药物和食物有相互作用。溶栓药物：对于高危肺血栓患者可能会用到溶栓药物，比如尿激酶、链激酶等。溶栓药物可以溶解血栓，但是有出血风险，所以使用前要严格评估患者情况，像有近期脑出血、活动性内出血等情况的患者就不能用溶栓药物。
非药物治疗情况
氧疗：如果患者有低氧血症，需要进行氧疗。对于轻度低氧的患者，可以通过鼻导管给予低流量吸氧，一般1 - 3升/分钟；如果低氧比较严重，可能需要面罩吸氧或者无创呼吸机辅助通气等。介入治疗：对于一些情况特殊的肺血栓患者，可能会采用介入治疗。比如肺动脉导管碎栓和抽吸血栓，通过导管进入肺动脉内，机械性地破碎血栓或者抽吸血栓，改善肺动脉血流。不过介入治疗也有一定的适应证和禁忌证，需要专业医生评估患者是否适合。
康复与后续管理
康复锻炼：在病情稳定后，患者可以进行适当的康复锻炼。一般建议从轻度活动开始，比如慢走等，逐渐增加活动量。开始时每次活动时间可以在10 - 15分钟左右，每天可以进行2 - 3次，然后根据身体耐受情况逐步增加。定期复查：患者需要定期复查，一般需要复查凝血功能、肺部CT肺动脉造影等检查。比如凝血功能要监测INR等指标，肺部CT肺动脉造影可以评估血栓溶解情况等。而且患者要遵医嘱长期服用抗凝药物，不能自行随意停药，否则容易导致血栓复发等不良后果。