疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒引起，治疗上目前尚无特效抗病毒药物，主要是对症处理。一般来说，可使用一些缓解症状的药物。
常用对症药物
退烧药： 如果患者体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚来退热，它能通过抑制前列腺素的合成发挥解热镇痛作用，儿童可以选用适合儿童剂型的对乙酰氨基酚，按照体重等计算用量。缓解咽痛药物： 对于咽痛明显的患者，可以使用含漱液，如生理盐水含漱能清洁口腔，减轻局部炎症；也可以使用一些喷雾制剂，如含有苯佐卡因等成分的喷雾，能暂时缓解咽痛症状，但要注意按照说明书使用。
抗病毒药物使用情况
一般不常规用抗病毒药： 因为疱疹性咽峡炎多为自限性疾病，多数患者在1周左右可自愈，所以一般不常规使用抗病毒药物。但对于重症患者或有免疫缺陷的患者，可在医生评估下考虑使用抗病毒药物，如干扰素等，但干扰素的使用需要严格掌握适应证。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童患疱疹性咽峡炎时，使用退烧药需格外注意。比如对乙酰氨基酚，2 - 3岁、体重12 - 14公斤的儿童一次用量约3 - 5毫升；4 - 5岁、体重16 - 18公斤的儿童一次用量约5 - 8毫升等，要严格按照儿童体重对应的剂量使用，避免过量。同时，儿童使用含漱液或喷雾时要防止误咽等情况发生。孕妇患者： 孕妇患疱疹性咽峡炎时，用药需谨慎。一般退烧药中对乙酰氨基酚相对较安全，但仍需在医生指导下使用，因为孕妇的身体状况特殊，任何药物的使用都可能对胎儿产生潜在影响，所以必须由医生权衡利弊后决定是否用药及选择合适的药物。
日常护理配合用药
在用药治疗的同时，患者要注意休息，保证充足的睡眠，这有助于身体恢复。还要注意隔离，避免交叉感染，一般隔离时间至少1周左右。饮食上要吃清淡、易消化的食物，比如米粥、面条等，避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重咽痛症状，这也能配合药物治疗，促进病情好转。