疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，治疗上主要是对症用药。一般来说，可使用一些缓解症状的药物，比如体温超过38.5℃时，可遵医嘱使用对乙酰氨基酚等退烧药来降温。
对症治疗药物
退烧药： 当患儿体温超过38.5℃时，可使用对乙酰氨基酚来帮助降低体温。需要注意的是，2个月以下婴儿发热时不建议自行用退烧药，应及时就医。缓解咽痛药物： 对于咽痛明显的患儿，可使用含漱液，如生理盐水等含漱来减轻不适，但要注意2岁以下幼儿可能不太配合含漱操作。
抗病毒药物使用情况
一般不常规用抗病毒药： 大多数疱疹性咽峡炎是自限性疾病，一般不需要常规使用抗病毒药物。因为目前针对肠道病毒导致的疱疹性咽峡炎，没有特效的抗病毒药物能明显缩短病程。但如果是重症或有特殊情况的患儿，医生可能会根据情况评估是否使用抗病毒药物，比如对于合并严重并发症的患儿，可能会在特定情况下考虑使用相关抗病毒药物，但这需要严格遵医嘱。
特殊人群用药注意
儿童用药： 儿童使用退烧药时要严格按照体重计算剂量，不能超量使用。比如对乙酰氨基酚，要根据儿童体重精确计算用量。而且儿童用药后要密切观察是否有不良反应，如皮疹、呕吐等情况。孕妇用药： 孕妇如果患上疱疹性咽峡炎，用药更要谨慎。一般不建议自行用药，需要及时就医，医生会根据孕妇的具体情况，权衡利弊来选择合适的处理方式，因为很多药物可能会对胎儿产生影响，所以必须由专业医生来判断是否用药以及用什么药。