内分泌六项检测的最佳时间因检测目的而异。一般来说，基础性激素六项检查建议在月经来潮的第2-5天（月经第2-5天）进行，此时属于卵泡早期，能反映卵巢的基础状态。
月经周期异常者的检测时间
月经长期不来潮且想了解基础状态： 如果女性月经长期不来潮，比如闭经，不管是因为多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等哪种原因，这时候随时都可以检测内分泌六项，此时测定的激素水平可作为基础状态参考。药物影响后检测： 若因某些原因服用过激素类药物，需要在停药一段时间后检测，一般建议停药3个月以上再检测，避免药物干扰激素水平。
监测排卵时的检测时间
卵泡监测： 如果是为了监测排卵，可在月经周期的第10-12天开始监测卵泡发育情况，同时结合内分泌六项中促黄体生成素（LH）等指标来判断排卵时间。当发现卵泡接近成熟时，可根据情况安排再次检测内分泌六项，比如当卵泡直径达到18mm左右时，检测LH水平，看是否有LH峰出现，以确定大概的排卵时间。
怀疑高泌乳素血症时的检测时间
随机检测： 怀疑高泌乳素血症时，一般在上午9-11点左右进行检测，因为这个时间段泌乳素水平相对稳定，而且尽量在安静状态下检测，避免剧烈运动、进食等因素影响泌乳素水平，因为剧烈运动、进食等可能会导致泌乳素短暂升高。不过如果一次检测结果异常，可能需要重复检测来确认。