尿尿时阴茎疼可能是由多种因素导致的，包括局部损伤、尿道炎、前列腺炎、包皮龟头炎、尿道结石等，同时可能还伴有尿频、尿急等症状，这时应及时就医，依据医嘱进行针对性治疗。
一、局部损伤：
过度挤压、外力撞击等情况可能致使尿道或是尿道口部位受损。当排尿时，受损部位受到尿液刺激，就会引发尿尿阴茎疼。针对这种情况，可使用止痛类药物如双氯芬酸钠肠溶片、布洛芬片等以及抗感染药物如头孢地尼分散片等来进行治疗。
二、尿道炎：
1.细菌性尿道炎或淋菌性尿道炎会使尿道局部受损，从而引起尿尿阴茎疼，同时伴有尿频、尿急等症状。可应用敏感抗生素类药物进行治疗，例如西他沙星片、头孢克洛片、左氧氟沙星片等。
三、前列腺炎：
可能与频繁手淫、不洁性生活等因素相关，进而导致感染。由于局部炎症持续破坏刺激前列腺，造成局部损伤及充血，便可能导致尿尿阴茎疼，还会伴有尿不尽、尿频、会阴部胀痛等症状。可使用西他沙星、盐酸坦索罗辛缓释胶囊等药物进行治疗，同时配合物理疗法，如微波理疗、热疗等。
四、包皮龟头炎：
可因感染、包皮过长、局部刺激等因素诱发。男性若存在包皮龟头炎，可能会侵袭尿道口部位，导致尿道口部位受损，容易引起尿尿阴茎疼，还可能伴有瘙痒等症状。可使用高锰酸钾进行湿敷，若为细菌性包皮龟头炎，可使用莫匹罗星软膏、氧氟沙星等；若为滴虫性包皮龟头炎，可使用甲硝唑、替硝唑；若为念珠菌性包皮龟头炎，可使用曲安奈德益康唑乳膏、伊曲康唑等药物进行治疗。
五、尿道结石：
通常继发于膀胱结石。在排尿过程中，因为尿道受到结石的刺激，会引发尿尿阴茎疼，疼痛往往比较剧烈，还可伴有排尿困难等症状。确诊后应进行相应的排石处理，如尿道激光碎石术、尿道结石取石术等。
总之，当出现尿尿时阴茎疼的情况时，应尽快就医，明确具体病因后采取针对性的治疗措施，以缓解症状，避免病情进一步发展。