射精后阴茎疼痛的原因包括尿道炎、精囊炎、尿道狭窄、尿道结石等。
一、尿道炎：这主要是由淋球菌、非淋球菌引发的尿道炎症。在射精时，由于精液要流经炎症区域，就会对尿道黏膜形成刺激，从而导致疼痛感产生。
二、精囊炎：患病时精液中会含有大量细菌或脓液。当精液射出时，就容易对尿道造成刺激，出现疼痛症状，同时往往还伴有精液色泽的改变。
三、尿道狭窄：通常是因前尿道疾病或海绵体纤维化所引起。在射精瞬间，大量精液涌出，会冲击局部狭窄的尿道，进而可能表现出疼痛症状。
四、尿道结石：若是泌尿系结石嵌顿在尿道内，同样会致使射精后尿道疼痛。建议在医护人员指导下将结石排出，如此疼痛现象便会迅速得到缓解。
总之，射精后阴茎疼痛多数是因尿道功能异常所引发的，若症状长时间持续，需及时就医进行检查和治疗。