射精后阴茎疼痛的原因包括尿道炎、精囊炎、尿道狭窄、尿道结石等。
一、尿道炎：主要因淋球菌、非淋球菌引发尿道炎症。射精时，精液流经炎症部位会对尿道黏膜形成刺激，从而导致疼痛。比如一些尿道炎患者，在射精过程中就会明显感觉到疼痛。
二、精囊炎：患病时精液内会含有大量细菌或脓液。当精液射出时，容易刺激尿道产生疼痛，同时往往伴有精液色泽的改变。像精囊炎患者，其射出的精液可能在颜色等方面出现异常，且伴随射精疼痛。
三、尿道狭窄：多由前尿道疾病或海绵体纤维化所致。在射精瞬间，大量精液涌出会冲击局部狭窄的尿道，进而可能表现出疼痛症状。若存在尿道狭窄的情况，在射精时就可能因精液对狭窄处的冲击而引发疼痛。
四、尿道结石：当泌尿系结石嵌顿在尿道中时，也会造成射精后尿道疼痛的现象。如果能在医护人员指导下将结石排出，那么疼痛现象通常会迅速得到缓解。像有尿道结石的患者，在射精后会感受到明显的尿道疼痛。
射精后阴茎疼痛大多是由尿道功能异常所引起的，如果这种症状长时间持续，就需要及时就医进行检查和治疗。