灰指甲主要是由皮肤癣菌感染引起的，约95%的灰指甲是皮肤癣菌导致的。
感染途径一：直接接触传染
与患者接触： 比如和患有灰指甲的人握手、共用毛巾、拖鞋等，皮肤癣菌就有可能从接触部位侵入人体，从而引发灰指甲。如果家里有人有灰指甲，就很容易在日常生活中把真菌传染给其他家庭成员。自身其他部位感染蔓延： 比如本身有足癣（脚气），脚部的皮肤癣菌可能会慢慢蔓延到指甲部位，导致灰指甲。因为脚部长期处于潮湿环境，有利于皮肤癣菌生长繁殖，然后就容易向指甲部位扩散。
感染途径二：环境因素影响
潮湿环境： 在温暖潮湿的环境中，皮肤癣菌更容易生长。像经常穿不透气的鞋子，脚部一直处于闷热潮湿状态，就为皮肤癣菌提供了良好的生存环境，增加了感染灰指甲的风险。比如一些长期在潮湿环境工作的人，如渔民、矿工等，患灰指甲的几率相对较高。公共场合： 在公共浴室、游泳池等公共场合，由于多人共用设施，皮肤癣菌容易传播。如果接触了被污染的地面、毛巾等，就可能感染皮肤癣菌，进而引发灰指甲。
感染途径三：自身免疫力低下
老年人： 随着年龄增长，老年人的身体免疫力会逐渐下降，对真菌的抵抗力也会变弱，所以老年人患灰指甲的概率比年轻人高。有研究表明，60岁以上的老年人中，灰指甲的患病率相对较高。患有基础疾病的人： 比如患有糖尿病、艾滋病等基础疾病的人，身体的免疫系统功能受到影响，更容易受到皮肤癣菌的侵袭，从而增加患灰指甲的可能性。糖尿病患者由于血糖控制不佳，皮肤和指甲的营养状态及防御能力会受到影响，为真菌滋生创造了条件。