杭州男科医院排名最好的医院包括浙江省立同德医院、杭州中医药大学附属第二医院、浙江大学附属第一医院。
一、浙江省立同德医院：其生殖科在中西医结合诊治方面表现出色，擅长治疗前列腺疾病、泌尿系结石、泌尿系肿瘤、慢性肾功能不全、性功能障碍和男性不育等泌尿系统疾病，形成了以中西医结合治疗泌尿男性生殖系统疾病和微创泌尿外科手术为特色的临床专科。
二、浙江中医药大学附属第二医院：男科作为该医院的重点特色科室，拥有一支杰出的专家团队，可以为就诊者提供个体化的治疗方案以及专业的护理指导，全力为患者提供高质量的医疗服务。
三、浙江大学医学院附属第一医院：该医院是全国规模较大的泌尿外科中心之一，建院历史悠久，具备经验丰富且技术精湛的专家团队。
总之，以上这些是杭州男科医院中排名较为领先的医院，患者可根据自身情况自行选择前往就诊。