阴茎里面疼可能由多种原因引起。比如尿道炎，一般男性尿道炎患者中，约30% - 40%会出现阴茎里面疼的情况，同时可能伴有尿频、尿急等症状。
尿道炎导致的阴茎里面疼
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播，除了阴茎里面疼，还会有尿道脓性分泌物，尿道口红肿等表现。非淋菌性尿道炎：多由沙眼衣原体、解脲脲原体等感染所致，症状相对淋菌性尿道炎较轻，阴茎里面可能有瘙痒、刺痛感，尿道分泌物一般为稀薄浆液性。
前列腺炎引发的阴茎里面疼
急性细菌性前列腺炎：起病较急，除了阴茎里面疼，还会有发热、寒战、尿频、尿急、尿痛等全身及局部症状，血液和尿液检查中白细胞会升高。慢性细菌性前列腺炎：病程较长，反复出现阴茎里面隐隐作痛、尿频、尿急、尿不尽等症状，前列腺液检查可发现白细胞、细菌等异常。
阴茎外伤造成的阴茎里面疼
外力撞击：比如性生活中姿势不当、运动时碰撞等导致阴茎受到外力撞击，会立刻出现阴茎里面疼痛，可能伴有肿胀、淤血等情况。过度摩擦：长时间骑自行车、内裤过紧等导致阴茎过度摩擦，也可能引起阴茎里面疼，局部可能有红肿表现。
结石相关的阴茎里面疼
尿道结石：当尿道存在结石时，会引起阴茎里面疼痛，排尿时疼痛可能加重，还可能出现排尿困难、血尿等症状，通过尿道超声等检查可发现结石。