孕40天流产的处理需综合多方面因素来决定，包括流产方式、孕妇自身状况及复查结果等，尤其对于流产不全的情况要妥善处理，如药物调理或清宫手术，以避免影响子宫恢复。具体如下：
一、自然流产：
1.怀孕40天自然流产后，要持续观察出血的量与时间。出血干净后应及时到医院进行彩超复查，以明确是否流产完全。
(1)若提示宫腔内残留物较多或存在流产不全，建议安排清宫手术。这是因为若不及时处理，可能导致出血时间延长，还会显著增加宫腔内感染的风险。
(2)在清宫手术后，要注意充分休息，严禁性生活。必要时需遵医嘱使用甲硝唑片进行抗感染治疗，可降低术后感染风险。
二、人工流产：
1.若为意外怀孕40天进行流产手术，应先到医院接受全面检查，评估女性的身体状况，从而确定流产方案。在确诊为正常宫内孕后，可预约药物流产或无痛人流手术。
(1)流产前要做好相关准备，流产后要多加休息，防止出现宫腔内感染。
(2)术后可遵医嘱使用益母草颗粒，其有助于促进子宫收缩，能帮助改善腹痛、出血等现象。
总之，孕40天流产后要密切关注各方面情况，根据具体状况采取适宜的处理措施，以保障孕妇的健康和子宫的良好恢复。