紧急避孕药的副作用主要包括月经紊乱，一般在服用后的1~2个月内可能出现月经提前或推迟的情况，有的女性月经周期可能会改变，提前或错后7天以上比较常见。
胃肠道反应
恶心： 服用紧急避孕药后，约有10%的人会出现恶心症状，一般比较轻微，持续时间不超过24小时。呕吐： 大约有5%的人可能会发生呕吐，如果在服药后1小时内呕吐，需要补服一次，因为药物可能还未被完全吸收。
类早孕反应
头晕乏力： 部分女性会出现类似早孕的反应，如头晕、乏力等，一般程度较轻，多数人不需要特殊处理，通常1~2天可自行缓解。乳房胀痛： 约有40%的女性会感觉乳房胀痛，一般持续1~2周左右，症状较轻者可不做特殊处理，胀痛明显者可通过热敷等方式缓解。
不规则阴道出血
出血时间不定： 服用紧急避孕药后，可能会出现不规则的阴道出血，出血时间长短不一，有的可能仅持续几天，有的可能会接近正常月经量。出血量差异： 出血量多少也因人而异，有的女性出血量较少，只是点滴出血，有的可能出血量稍多，但一般不会超过月经量。需要注意的是，如果出血时间长、出血量多，应及时就医，排除其他问题。
对后续月经的影响
月经周期改变： 紧急避孕药会干扰正常的内分泌功能，可能导致下次月经提前或推迟超过1周以上。如果月经推迟超过10天，需要排除怀孕的可能。长期影响： 一般来说，偶尔使用一次紧急避孕药，对月经的影响多是短期的，不会造成长期的月经紊乱，但如果频繁使用，对月经周期的干扰可能会更明显，甚至可能影响排卵功能。