肛周湿疹可以使用的药物有很多，常见的如糖皮质激素软膏，像氢化可的松软膏等，一般连续使用不超过2周。
外用糖皮质激素药物
弱效糖皮质激素： 比如氢化可的松软膏，适用于婴幼儿肛周湿疹，它的抗炎作用相对较弱，副作用相对较小。中效糖皮质激素： 如糠酸莫米松乳膏，抗炎效果比弱效的强一些，能有效减轻肛周湿疹引起的瘙痒、红肿等症状，但也不能长期大面积使用。
钙调磷酸酶抑制剂
他克莫司软膏： 尤其适合面部、颈部等皮肤薄嫩部位的肛周湿疹，不过刚开始使用时可能会有短暂的灼热感，一般持续使用一段时间后会逐渐消失。吡美莫司乳膏： 同样可用于肛周湿疹的治疗，不含有激素，对于一些对激素有顾虑的患者可以考虑使用，但价格相对较高。
收敛止痒药物
氧化锌软膏： 有收敛、保护皮肤的作用，还能缓解瘙痒，可用于肛周湿疹的辅助治疗，对皮肤刺激较小。炉甘石洗剂： 也能起到止痒的效果，使用前需要摇匀，涂抹在肛周湿疹部位能让瘙痒感减轻，但如果皮肤有破损就不能用了。
抗组胺药物
口服抗组胺药： 如氯雷他定片，能缓解肛周湿疹引起的剧烈瘙痒，一般每天服用1次，可在晚上睡前服用，不影响白天的正常活动。西替利嗪片： 也是常用的抗组胺药物，同样能有效减轻瘙痒症状，服用后可能会有轻微嗜睡的副作用，司机等需要保持清醒的人群要注意。