肛周湿疹可以使用糖皮质激素药膏、钙调磷酸酶抑制剂等药物来改善，一般来说糖皮质激素药膏如氢化可的松乳膏等有较好的效果。
外用糖皮质激素药膏
弱效糖皮质激素： 如氢化可的松乳膏，适用于面积较小、症状较轻的肛周湿疹，能减轻炎症反应，缓解瘙痒等症状。一般每天外用1 - 2次，涂抹在患处。中效糖皮质激素： 像糠酸莫米松乳膏，抗炎作用相对更强一些，对于中度的肛周湿疹有较好的疗效，但连续使用时间不宜过长，通常不超过2 - 4周。
钙调磷酸酶抑制剂
他克莫司软膏： 可以用于肛周湿疹的治疗，尤其适合面部、颈部等皮肤薄嫩部位以及对糖皮质激素有禁忌的患者。它通过抑制钙调磷酸酶的活性来发挥免疫抑制作用，从而缓解湿疹症状。一般每天外用2次。吡美莫司乳膏： 作用机制与他克莫司类似，也可用于肛周湿疹的治疗，能有效减轻炎症和瘙痒，而且相对来说刺激性可能较小，不过起效时间可能会稍慢一些。
抗组胺药物
口服抗组胺药： 对于瘙痒症状明显的肛周湿疹患者，可口服抗组胺药来缓解瘙痒。例如氯雷他定片，一般每天服用1次，每次1片，它能通过阻断组胺受体来减轻瘙痒感，但服用后可能会有嗜睡等副作用，驾驶员等需要保持清醒的人群要注意。外用抗组胺药： 部分外用的抗组胺药制剂也可用于肛周湿疹辅助止痒，不过相对口服的使用范围可能较窄，需要在医生指导下选择合适的产品。
中药外洗药物
复方黄柏液涂剂： 可以用它来进行肛周外洗，具有清热解毒、消肿祛腐的作用，能减轻肛周湿疹引起的红肿、瘙痒等症状。一般取适量药液稀释后进行坐浴，每天1 - 2次。除湿止痒洗液： 也是常用的中药外洗制剂，有清热除湿、祛风止痒的功效，有助于改善肛周湿疹的症状，使用方法一般是稀释后坐浴，每次15 - 20分钟左右。