石菖蒲的功效包括开窍醒神、化湿和胃、宁神益志。其可主治痰蒙清窍、神志昏迷，湿阻中焦、脘腹痞满、胀闷疼痛，噤口痢，以及健忘、失眠、耳鸣、耳聋等病症。
石菖蒲的用药注意事项如下：
一、性温，所以在外感风寒或温热，热实内炽，阴虚火旺、血虚血热等情况下，忌单味服用。
1.外感风寒，指人体遭受风寒之邪侵袭，出现恶寒、发热、头痛等症状。
2.温热，如温热病邪入侵人体导致的一系列病症。
3.热实内炽，体内实热亢盛。
4.阴虚火旺，阴液亏虚而虚火亢旺。
5.血虚血热，血液不足且有热象。
二、辛香偏燥而散，有伤及津液、耗损阴液之弊端，阴血不足者忌用，如症见烦躁多汗、咳嗽、吐血、精滑者不宜单味长期服用。
(1)烦躁多汗，情绪烦躁且出汗较多。
(2)咳嗽，出现咳嗽症状。
(3)吐血，有吐血情况发生。
(4)精滑，出现遗精等现象。
三、因其有抑制中枢神经的作用，所以老人、小孩、婴幼儿不宜长期服用。
四、它可以抑制肠道平滑肌的收缩，促进消化液分泌，胃溃疡患者不宜长期服用。
总之，如果想要利用石菖蒲来治疗疾病，必须要在专业医师的指导下进行服用，切不可盲目用药；如正在使用其他药品，也应当事先咨询医师或药师，以避免药物间相互反应而影响治疗效果。