皮肤囊肿的治疗方法需根据囊肿类型、大小等情况而定。一般来说，较小的囊肿若无症状可先观察，较大或有症状的可能需要手术切除等。
手术治疗方式
小囊肿切除：对于直径较小（通常小于2 - 3厘米左右）且位置表浅的皮肤囊肿，可在局部麻醉下直接切除。手术过程相对简单，术后恢复较快，一般1周左右伤口可基本愈合。大囊肿或复杂囊肿切除：如果囊肿较大（直径超过3厘米）或者与周围组织粘连较严重，可能需要在局部浸润麻醉或神经阻滞麻醉下进行切除。手术时间可能相对长一些，术后恢复时间也会相应延长，大约需要2 - 3周左右。
非手术治疗情况
观察随访：对于一些非常小的、无症状的皮肤囊肿，比如直径小于1厘米且没有红肿、疼痛等表现的表皮样囊肿，可以选择观察随访。定期到医院进行检查，观察囊肿大小、形态等是否有变化。一般建议每3 - 6个月复查一次超声等检查。穿刺抽吸：部分囊肿可以通过穿刺抽吸的方法来治疗。例如皮脂腺囊肿，在消毒后用注射器将囊肿内的内容物抽出，但这种方法容易复发。穿刺抽吸后可能需要配合加压包扎等处理，而且复发率大概在30%左右。不过对于一些不能耐受手术的患者可以作为一种暂时缓解症状的方法。
不同类型囊肿的治疗差异
表皮样囊肿：多因皮肤损伤后表皮细胞植入皮下生长形成。如果是较小的表皮样囊肿，可选择观察或穿刺抽吸；较大的则需要手术切除。手术时要完整切除囊肿壁，否则容易复发。皮脂腺囊肿：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀而形成。治疗以手术切除为主，在局部麻醉下将囊肿完整切除，若并发感染，需先控制感染后再行手术切除。腱鞘囊肿：多见于手腕、足背等部位。较小的腱鞘囊肿有时可自行消退，也可通过挤压使其破裂自行吸收；还可以通过穿刺抽吸后注入糖皮质激素等药物，但复发率较高；手术切除的话复发率相对较低，不过手术有损伤周围组织的风险。