阴茎皮下出现米粒大疙瘩、触摸疼痛，可能与以下原因有关。
1.皮脂腺异位症：是一种皮脂腺疾病，病因不明，可能与内分泌因素、局部刺激或创伤有关。好发于口腔黏膜、阴茎龟头，表现为针头大小、孤立的、稍高起的黄白色小疙瘩，无自觉症状，可单发或多发。一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方式去除。
2.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。多见于儿童和青年人，好发于躯干部、四肢、肩胛、阴囊等部位，表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质，有传染性。可通过刮除、冷冻、激光等方式治疗。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性接触传播。好发于外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区，初起为单个或多个散在的淡红色小丘疹，逐渐增大增多，呈乳头状、菜花状或鸡冠状，根部可有蒂，疣体表面易发生糜烂，有渗液、浸渍及破溃，可有瘙痒、灼痛或性交痛。可通过药物治疗、物理治疗、手术治疗等方式去除疣体。
4.阴茎珍珠状丘疹：是一种发生在阴茎冠状沟的丘疹样皮肤病，病因不明，可能与生理发育变异、包皮过长、局部刺激等有关。多见于青壮年，皮损表现为环绕阴茎冠状沟呈串珠样排列的半透明丘疹，无自觉症状，不影响健康，一般不需要治疗。若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方式去除。
5.其他：阴茎皮下出现米粒大疙瘩、触摸疼痛还可能与脂肪瘤、表皮样囊肿、梅毒、生殖器疱疹等疾病有关。
如果出现这种情况，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。