阴茎皮下米粒大的疙瘩触摸疼痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的情况：
1.皮脂腺囊肿：这是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。其特点为缓慢增长的良性病变。囊内有白色豆渣样分泌物。可发生于任何年龄，但以青壮年多见，好发于头面、颈项和背部。一般无自觉症状，如继发感染时可有疼痛、化脓。
2.传染性软疣：这是由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病。其特点为在皮肤上发生蜡样光泽的小丘疹，中央有脐窝，可挤出乳酪样软疣小体。好发于儿童和青年人，可通过直接接触或间接接触传播。
3.尖锐湿疣：这是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。其特点为在外生殖器及肛门周围出现乳头状、菜花状或鸡冠状的赘生物，可逐渐增大或相互融合，可伴有瘙痒、疼痛、出血等症状。
4.阴茎硬结症：这是一种发生在阴茎海绵体两层筋膜之间的一种结缔组织增生性疾病，多见于中年人，可在阴茎背侧或根部摸到一个或几个条索状或椭圆形硬结，质地如软骨，小的如同黄豆大，大的象花生米。小的硬结对勃起无影响，大的硬结可以阻碍阴茎勃起，使阴茎呈弯曲状，严重时可影响性生活。
5.其他：还有可能是阴茎珍珠疹、毛囊炎、疖肿、梅毒、生殖器疱疹等原因引起。
如果发现阴茎皮下有米粒大的疙瘩并伴有疼痛，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。在就医前，应注意保持局部清洁，避免搔抓和挤压，以免加重病情。同时，应避免不洁性行为，注意个人卫生。